仙剑的故事之所以能比其它游戏还能够引起玩家的共鸣，就是因为它的故事围绕着一个主旨上，那就是「情」，《仙剑奇侠传》一代的主旨是在于「宿命」，而二代的中心主旨则是「宽恕」，经过这么多年是唯一不曾改变的。所谓的宽恕，不一定是原谅了仇人就叫宽恕，有些是仇恨没错，有些是迷惘，有些则是痴情，而有些是误会，当所有仇恨、迷惘、痴情或误会真相大白、真情流露，使人悟得更深一层的道理，对于世间的人事物其看法或认知有完全不同的理解时，也何尝不是一种宽恕的表现啊！
基本上，二代的故事是在一代故事结束的八年之后，而二代的男主角就是跟李逍遥同一个村子的王小虎，还有李逍遥的女儿李忆如，以及另外两个女主角，四个人交织出一段错综复杂的故事来。当然，也有一些一代的主角以及全新的人物会在二代中出现，准备将前后两代发生过以及即将发生的感情、恩怨等纠葛，作一个完整的交代。

二代故事是开始於一代结束的八年後，当初与李逍遥住在同一个村子的邻居—王小虎，已经是一位十八岁的成熟青年。想当年年纪虽小，却很有孝心，不怕风浪独自上仙灵岛为父求药的事迹一直让大家们津津乐道，个性坚毅刚强，做事执著且有决心，从小视逍遥为偶像，虽然逍遥後来未收小虎为徒，但小虎心中笃定要成为如李逍遥一样的大侠，名满江湖、除魔卫道，是永远不变的目标。
此时的神州大地，因为八年前锁妖塔崩毁，万千妖魔尽出，天下大乱，幸有一位得道高僧—千叶禅师的出现，广纳门徒成立大慈悲明宗，四处传道布施、救灾救人，与蜀山仙剑派掌门人李逍遥同为正道的两大领袖。另一方面，魔族掌旗使孔麟，也趁机扩展势力，进行一项可怕的阴谋，意图染指人间。
王小虎与三位女主角便是在这样的一个时空背景，交织出一段充满亲情、友情、爱情的传奇故事。到底王小虎是如何踏上旅程、和几位女主角是如何结识且发生动人情事、如何卷入一连串安排好的阴谋中而不自觉、又如何在千叶禅师的帮助下，对抗那可怕的魔头孔麟……

特殊的战术系统
除了一般的攻击、防御、法术、法宝、投掷等战斗方式外，《仙剑奇侠传二》中，还为了各个主角设计了一套特殊的战术系统，这一次我们将两位女主角—苏媚与沈欺霜的特殊系统介绍给大家：

喂毒系统：
小虎的红粉知己之一：苏媚，是位勇于追求真爱的个性角色，同时却又心狠手辣、为达目标不择手段。也许是性格使然，苏媚对于毒物的运用相当有心得，具体表现在战斗上，变成为《仙剑奇侠传二》战斗的另一个新系统：喂毒。
喂毒，即为武器上涂抹毒药，让受攻击的目标在承受普通攻击的威力之余，还会有一定加成的机率中毒。不仅一般常见的瘴毒、赤毒，连毒性甚强的七大蛊毒；或是让人产生昏睡、疯魔的状态物品，都可以涂抹在武器上。这个创新的系统，不仅可以让玩家增加攻击时的策略运用，也使得一般RPG中甚少使用的「毒」类道具有运用的机会。

阵术系统：
在《仙剑奇侠传二》的战斗中，「风、雷、冰、火、土」五种基本的属性无所不在，简单、直接的属性相克关系，让玩家在战斗策略上可以有良好的掌握。不仅每种怪物有其独特的属性，特殊的战斗环境也具备属性的性质，并且相当容易辨识。战斗时周遭环境的状况，会对玩家所使用的法术或攻击产生加乘或是削减的情形，仙二中的战场状态有自然形成与人力改变的两种型态，为了让大家更加了解我们就举例说明吧?例如：看得到溶岩、火焰的燠热战斗环境，就具备有「火」的属性；充满积雪、冰块的寒冷战斗环境，便为「冰」的属性。玩家在冰天雪地中跟敌人战斗用冰系法术攻击就会有比较强的攻击力，而火系法术就会减弱，这种状况就是自然形成的战场状态；此时如果使用道具或是阵术布下火之结界，火系法术威力会变的有比较强的攻击力，而原先冰系法术的优势就被取代掉了，这就是人力改变的战场状态。
玩家除了要针对怪物属性上的弱点之外，若是还能考虑到战斗环境的属性关系，对于克敌致胜上将会收到事半功倍的效果。